Né à Johannesbourg, Peter Magubane a découvert sa vocation pour la photographie en prenant ses premiers clichés avec un Kodak Brownie, lorsqu’il était encore écolier.
Son premier reportage en tant que photographe professionnel consiste à couvrir le congrès de l’ANC, en 1955, pour le magazine Drum. Trois ans plus tard, il obtient le prix Best Press Picture of the year (Meilleure photo de presse de l’année), devenant ainsi le premier sud-africain noir à remporter un prix de photographie d’envergure nationale. En juin 1969, il est arrêté alors qu’il photographie des manifestants devant la prison de Winnie Mandela. Les charges contre Peter Magubane sont finalement abandonnées l’année suivante, mais le régime d’Apartheid lui interdit d’exercer son métier pendant cinq ans.